大明中期，程朱理学兴盛，礼教苛严，女子地位地下，贵族女子不得抛头露面，即使生病，也要谨遵男女有别，以致于隐疾难治，而女子从医则更是容易被世人议论为“三姑六婆”，名声不雅。明英宗朱祁镇继为皇位，孙太后辅政，英宗年少荒诞，亲信东厂太监头目曹吉祥，孙太后以此为由迟迟不肯归政。徐侍郎家大摆寿筵为太夫人贺寿，实则是以贺寿为由为徐家公子挑选儿媳，各家小姐争相展现才艺，安和郡主汪美麟才艺出众，赢得众人喝彩，只有杭允贤一人不为所动。代父送礼的允贤被徐府院子里的一株药草铁皮石斛吸引，在采摘药草的时候，婢女紫苏被陌生男子挟持，允贤发现对方身中剧毒，性命垂危，不但不计前嫌，反而施以援手，将铁皮石斛赠给对方解毒。原来这名陌生男子是铖王朱祁玉，孙太后想将铖王立为新君，曹吉祥唯恐东厂地位因此受到撼动，遂背着皇上派人追杀铖王。东厂的人闯入徐府搜捕，混乱中，徐太夫人突然中风，众人皆手足无措，唯有通于医理的允贤镇定施救，施针放血，及时救回徐太夫人的性命。汪美麟在其父汪国公的授意下假装晕倒避人耳目，随后偷偷找到铖王，将其藏在自己的轿中带出徐府。救了人受到众人高度赞扬的允贤回到家却招来父亲的一顿家法，因允贤违反了“族人不得从医”的家训——谭家祖上为御医，却因被奸人陷害而遭遇灭顶之灾，允贤的爷爷为了庇护家人上吊自杀，以此谢罪，允贤的哥哥也在逃亡的途中不治丧命。谭家从此改名换姓，换为杭姓，允贤的父亲也因此入军职，以期立下军功早日晋升，在朝堂上为家族洗清冤屈。虽有家训如此，但允贤天资聪颖且热衷学医，允贤的奶奶亦不忍谭家医学自此失传，遂默许允贤自幼随其学习医理。
救完于夫人，允贤同郑齐乘马车返回永庆庵，途中允贤的一番“劝解之辞”竟意外惹怒郑齐，郑齐不顾允贤弃马车而去，允贤只好打定主意自己架马车回去，不料马却突然受惊失控，允贤陷入险境，正巧路过的祁钰出手相助，蹿上马背，抱住马脖子，用手蒙住马的眼睛，使马镇静下来，助允贤脱离了险境。允贤欲谢救命之恩，祁钰却率先发现自己救的正是当日赠药草相助的善良女子，允贤也从祁钰手中的那株“铁皮石斛”记起当日情形。二人正巧都要前往永庆庵遂同行，允贤发现祁钰碰到伤口，于是将自己的丝帕赠予祁钰擦拭伤口。祁钰临时改变行程，与允贤别过，得知允贤姓“杭”，推测允贤是杭将军的女儿，并从丝帕上知道允贤名中有一“贤”字。祁钰拾到允贤摔坏的玉簪，问了随从京城中最好的珠宝铺子，打算送去修理或仿制。于大人携于夫人到访杭府，欲谢允贤救命之恩，允贤本担心于大人向父亲言明她再次私自行医救人的事实，非常紧张，但于大人此次竟比当日豁达开明得多，不仅帮允贤隐瞒了真相，还向杭父坦言想要认允贤为义女的意向，杭父应允，于杭两家自此结为通家之好。于夫人请允贤到于府做客，并将允贤以义女身份介绍给其闺阁好友，得知允贤懂得岐黄之术，众夫人小姐竟一番讥讽，但允贤心思聪颖，不仅不生气，反而巧用美容养颜的“七白膏”化解了尴尬，并答应给各位夫人小姐制作七白膏相赠。祁钰派小厮给允贤送回玉簪和丝帕，紫苏见此情形拿允贤与那位朱祁钰朱公子打趣，见祁钰如此赤诚，允贤也不免芳心萌动。太后私下见祁钰，并示明欲立他为新君的意图，而祁钰却感念于与皇兄朱祁镇的情谊以及恪守为人臣子的本分断然拒绝，太后因此大为恼怒，当即命人对祁钰施加了一顿皮肉之苦。
除夕当天，祁钰与允贤、吴太后及太上皇一家相聚团员，本是阖家欢喜之际，吴太后却屡屡阴阳怪气地讽刺上皇、指责允贤，祁钰因而气恼不已，又吐了血。除夕之夜，下起了雪，允贤站在宫殿外看雪，上皇走到允贤身边，忆起那年在允贤家的后院与允贤一起雪中起舞，同赏烟花，共度除夕，并用脚在雪上写下朝鲜语“扎基亚”，对允贤道了声珍重，后回自己宫中与妻儿团圆。除夕之夜，允贤一直守在祁钰身边，入夜已深，祁钰突然开始止不住地大口吐血，允贤急忙给他扎针止血，并让人速去请程村霞，可还是晚了一步，祁钰一命呜呼。祁钰在除夕之夜病逝，吴太后认定是允贤医术不精才害死了自己的儿子，要让允贤殉葬，允贤则因为太过悲伤，又被吴太后推到在地，不幸小产。孙太后及静慈师太以“允贤性命受到威胁”作为诱饵，设计让英宗复位，孙太后还主动解开了与英宗多年的误会，向他说明所谓的“杀母之仇”不过是王振当初为了取得他的偏信而编造的谎言。英宗重新登基，下令废除殉葬制度，实行女医制度。允贤放不下祁钰与她还未出世的孩子见济的死，无法面对英宗的一片深情，也厌倦了宫中战战兢兢的生活，离开皇宫远走天涯，寄情山水，悬壶济世。其师兄程村霞亦卸官做了游方郎中，与允贤在民间重逢，叮嘱允贤写完她那本《女医杂言》一定要给他留一本。钱皇后去世后不久，太子见深即皇位，英宗终于得以卸下心中重担，到宫外去寻找允贤，希望与她共度余生。在允贤及医女们的共同努力下，也在英宗的盛德感召下，明朝不仅官方建立了女医制度，世人亦渐渐地接受了女子行医，女子患病不用再受限于男女大防，隐疾得治，性命也因此大为增长。
