《末日孤舰》改编自上世纪八十年代美国作家威廉姆-布林克利（William Brinkley）同名小说，讲述当一场全球性传染病导致大部分人口灭亡之后，一艘在南极考察的美军驱逐舰如何躲避其他国家的袭击，找到治疗疾病的疫苗的故事。第二季延续了第一季的高水准，依然为观众奉上了一场视觉盛宴。透过此剧了解海洋战场，现代武装力量和思维的新解读，国家意志和个人使命的体现，以及少数幸存者们如何在世界毁灭后继续生存，当然还有惹火的主演们。被称为海军之矛的美国海军内森-詹姆斯号导弹驱逐舰由诺福克出海去往北极，进行为期四个月的武器测试，期间一直保持无线电静默。一场突如其来的病毒彻底地扰乱了全球的社会秩序。疾控中心和世卫组织分离病毒样本试图制造疫苗也以失败告终。而船上的两位“客人”正是由白宫下令，秘密地在北极寻找原始菌株。
217名船员也因出海任务逃过陆地上的混乱。而正当船员得知真相、为不在身边的家人朋友担忧之时，内森-詹姆斯号迎来一场擦肩而过的爆炸。然而陆地上由于电网瘫痪，通讯中断，与外界失联，失去任何上级指示的钱德勒舰长必须做出每一个有利的决定。直到“客人”斯科特博士研制出治愈药物之前，竭尽全力在海面上生存下去。当期望返回的国家不复存在之时，内森-詹姆斯号驶向了茫茫未知的征途。
无论是为逃过劫数的钱德勒舰长和他的船员的一系列冒险而果断的战略行动每一个决定，还是面临严峻形势时关乎全人类安危的重头戏——斯科特博士和她的原始菌株及疫苗的情况。无论是俄前副海军上将拉斯科夫和他指挥的基洛夫级重型导弹巡洋舰，还是由自称“天选之人”的反动免疫者们操控的英国动力潜艇。无论是用极端残忍的方式改造社会，挑选所谓精英的巴尔的摩激进右翼领导人格兰德森，还是实行残酷的奴隶制的“公牛老大”。这部剧的内核是告诉我们如何在世界末日坚守人类文明的底线，如何不在浩劫之中放弃现代社会所遵循的规则。病毒不是末日，放弃美国的现代法制文明，重回个人崇拜的疯狂时代才是末日。
