引起细菌型败血症的细菌，常见的有金黄色葡萄球菌、大肠杆菌、肺炎链球菌或者肺炎克雷伯菌，小儿免疫力功能低下者其致病菌可以是表皮葡萄球菌，一般一经发现，要选择针对性强的抗菌药物，病情危重者以选取两种抗菌药物联合应用，抗菌药物要足量，开始治疗时剂量一片大，如果是葡萄球菌败血症，可以选用头孢错林、头孢氨苄、头孢、阜新之或者是喹诺酮类的药物，左氧氟沙星，还可以联合使用阿米苄星、庆大霉素等。
若是革兰氏阴性杆菌所导致的败血症，那么可以从第二三代头孢菌素中选择一种头孢呋辛酯或者是头孢克洛，可以与庆大霉素或者是阿米苄星联合。对于绿脓杆菌所引起的败血症，要选用哌拉西林，他把他唑巴坦、头孢哌酮、舒巴坦等。如果是厌氧菌败血症，那么在选用药物的时候，还要兼顾抗厌氧菌的和需氧菌的药物联合使用。如果是真菌性的败血症，等真菌与细菌性感染同时存在，那么要兼顾两个两者，选用药物进行治疗。
