一、卵巢过度刺激症候群（卵巢涨大、腹水、腹涨、腹痛、脱水、寡尿《小于500ml/日》）需治疗，若延误会有心、肺、肾衰竭，甚至血栓症危险，发生率1～5％。
二、多胞胎妊娠，发生率20％（易早产，需减胎至双胞胎）。
三、卵巢扭转，会有急性腹痛，发生率小于1％，严重者需手术。
四、未定论的合并症－卵巢癌。
卵巢癌似乎和一个女人一生排卵次数有关系，但是进一步研究仍正努力澄清这关系。
美国不孕症生殖学会目前认为不孕症使用排卵药物是合理的，特别是考虑到怀孕及喂母乳确实会降低癌症机会，怀孕一次排卵次数可减少约12次（480次变为468次）。
五、施打排卵针剂的部位疼痛，热敷、按摩或多走路有所缓解的效果。
以上五点和施打排卵针剂有关。
另外常被问到的问题是：
一、试管婴儿是否较易流产？──怀孕后流产率13％（与正常怀孕流产率相同）。
二、子宫外孕发生率较高？──子宫外孕发生率2％（正常怀孕子宫外孕率约为1％）。
三、胎儿畸形发生率较高？──胎儿畸形发生率1～3％（与正常怀孕相同）。
