尿石症的主要病由于钙磷代谢紊乱以及其他因素。而患者对代谢紊乱方面比较关心。固然尿结石的形成与代谢紊乱两者之间的关系仍无终极结论，但是经过医学科研职员多年的研究以为钙磷代谢紊乱可引发：高钙尿、高草酸尿、高尿酸尿、胱氨酸尿、黄嘌呤尿、低枸橼酸尿等。具体病因可分为：
高钙尿：高血钙、甲状旁腺功能亢进、原发性远端肾小管酸中毒、髓质海绵肾、类赘瘤病、维生素D中毒、乳碱综合征、长期卧床、Cushing“”s综合征、甲亢、特发性高钙尿。
高草酸尿：原发性高草酸尿、维生素B6缺乏等。
高尿酸尿：痛风、高尿酸血、高尿酸尿、白血病、真性红细胞增多症、先天性酶缺陷、舞蹈手足徐动症等。
胱氨酸尿：属遗传性缺陷。
