相对而言，儿童肛瘘较少，但出生后3个月的婴儿，以及未满1周岁的幼儿，也常会出现肛门肿痛、化脓的情况。由于小儿肛瘘管道较为短浅，排脓后症状可很快减轻，并多数可自愈，部分患儿随年龄增长而自愈，因此，一般主张不行手术治疗。
对此，应对症处理，每日清洁肛门并坐浴，适当使用抗生素及外用药膏，消炎消肿，控制和减少脓肿的发生，加速自愈。对反复发作不能自愈的患儿，要择期至能承受手术时，再进行手术治疗，手术年龄以5～10岁为宜，对于低龄幼儿患该病的原因，以及自愈的原因，尚不明了。
据国内外统计，婴幼儿肛瘘在出生后6个月以内发病者占小儿肛瘘的2/3;在生后3个月内发病率最高，其中生后1个月内发病者为最多见。男性多于女性，男性占80%—90%，婴幼儿肛瘘发病部位多在肛门两侧，瘘管多呈浅在、单纯、垂直。复杂而瘘深的较少，有部分患儿未治可自愈，待成人后可再发。
根据肛门炎症、脓肿、瘘道三个不同阶段采用不同的治疗原则：
①当肛门周围尚未形成脓肿，仅见皮下有炎症反应时;可采用保守治疗，每日用温开水坐浴2—3次，适当吃些抗生素，局部可用金黄如意膏外敷等消炎、消肿治疗。
②如脓肿已形成，可切开排脓，预防反复感染，由于距肛窦较近，可一次切至肛窦，可避免日后成肛瘘。
③多数小儿肛瘘，可随发育生长自己愈合，所以一般不主张及时做根治手术，一旦肛瘘已形成，可等孩子稍大些，到5—10岁时再手术，可行瘘道切开术或挂线治疗。如在肛门两侧同时存在两个瘘道者，应分次行瘘道切开术，若采用挂线方法，可用胶线一次收紧即可。
