死神流克将死亡笔记遗失后，被13岁中学生镜太郎捡到，将其当作日记本使用。在无意间将5个欺负过他的同学杀死，而相信笔记是真的。惊恐的镜太郎利用流克给予的死亡橡皮擦擦去笔记上的名字，使得5人复活。调查此事的2名警察在得知5人复活后，赶到学校调查询问，但却同复活的5人一起被人杀死。镜太郎询问流克，发现流克的另一本笔记丢失，而联想到同样被那5人欺负和被警察询问过的三浦。最后，镜太郎找到三浦，使用橡皮擦擦掉已死7人的名字，然后把第二本笔记交给复活的2名警察。在警察面前，镜太郎让三浦杀死自己作为实验，然后用橡皮擦擦掉名字复活，令警察相信。而后，四人将笔记烧毁，并且一直保守秘密。7年后，镜太郎长大成人，始终保存着第一本笔记，并将死亡笔记的故事作为小说发表。死神流克因厌倦了死神界的生活，故意将一本死亡笔记丢弃在人间。同样厌倦人间生活的高中生夜神月在拾到死亡笔记后，因试验对象死去以及遇上寻找笔记的流克而相信死亡笔记是真的，决心以笔记的力量铲除罪犯，建立一个没有犯罪的世界，并成为新世界的神。
而后以“奇拿”的身份制裁罪犯，造成大量罪犯不分国籍死于心脏麻痹，成了ICPO会上议题。神秘名侦探L断言这是大量杀人事件，宣布已开始着手调查，要求ICPO协助，并在日本与警察成立调查总部。在L调查下，确定奇拿就住在关东并向其发出挑战。受到L的挑战，夜神月认为L将会成为他创造新世界路上的绊脚石，而接受其挑战并与之展开对决。2007年中国“扫黄打非”工作小组办公室于4月9日、4月25日和5月29日分别发出“关于查缴《死亡笔记》等恐怖类非法出版物的通知”、
“关于落实刘云山同志重要批示精神进一步加大查缴《死亡笔记》等恐怖类印刷品力度的通知”和“关于迅即开展查缴《死亡笔记》等恐怖类印刷品专项行动的通知”。通知指出：《死亡笔记》中包含了神秘主义、死亡、报复等诸多感情因素，这些黑色感情将对孩子幼小心灵产生非常大的负面影响，严重影响孩子的人格发育。2013年2月20日，俄罗斯乌拉尔地方中心城市的一位15岁少女跳楼自杀，在房间内发现了“没法活下去了”的遗书和《死亡笔记》漫画单行本4本。导致乌拉尔地方的父母团体于4月24日向总统普京上书，要求在俄境内禁止出版《死亡笔记》原作漫画，以及相关动画和电影，原因是《死亡笔记》会让儿童对死亡产生不必要的关心，对身心健康的成长有十分恶劣影响。
