很多疾病可导致男性不育，如先天性小阴茎和尿道下裂，具体原因如下：
先天性小阴茎
先天性小阴茎是造成男性不育的一种重要的先天性阴茎发育异常疾病，指男性进入青春期后阴茎仍处于儿童型状态，阴茎外形正常，只是阴茎过小，长度小于5cm，多伴有睾丸异常和其他潜在的内分泌功能不足。先天性阴茎发育异常均可影响性交活动，严重者将导致不育。先天性阴茎不发育、隐匿阴茎患者主要表现为无勃起和性交能力。
尿道下裂
男性尿道开口异常常见的有尿道上裂和尿道下裂2种。尿道下裂较常见，据统计约每1000个出生男婴中有8例，而尿道上裂较少见，每95000个出生婴儿中约有1例。男性尿道是精子排出体外的必经之路，正常开口于阴茎头的前中部，这种解剖位置有利于性交时将精子射入女性阴道内，使之有机会受孕，若尿道开口发生先天性异常，可则妨碍性交，不能将精液射入女性阴道内，以致男性不育。尿道下裂根据尿道开四位置不同分为冠状沟型、阴茎型、阴茎阴囊型和会阴型．其中冠状沟型多见，约占87％，是引起男性不育。
