早泄的原因是复杂的，这其中大部分是非器质性的，受大脑和脊髓中枢兴奋性增强的影响，少数为器质性疾病所引起。引发早泄常见的器质性因素有以下几种：
身体素质差异
早泄者的阴茎海绵体肌的反射比非早泄者快。这可能是由于血中睾酮含量偏高，使射精中枢兴奋性增高，阈值下降，射精中枢容易兴奋所致。但是绝大多数早泄患者的内分泌功能基本正常，这种观点尚有待于进一步研究。
引起交感神经器质性损伤的疾病
如盆腔骨折、前列腺增生、动脉硬化、糖尿病等疾病可直接影响射精中枢，使射精中枢控制能力下降而产生早泄。
生殖器官疾病
阴茎包皮系带过短，妨碍充分勃起;慢性前列腺炎患者早泄的发病率在40﹪~50﹪，因此有学者提出这可能与早泄的病理变化有关，慢性泌尿系感染会使会阴部与射精反射相关的肌肉组织长期处于慢性充血水肿、易激惹状态，稍有性刺激即可出现性兴奋而很快射精。
中枢5-羟色胺系统功能紊乱
中枢内正常浓度的5-羟色胺可以抑制射精反射，当其功能发生紊乱而浓度降低或5-羟色胺受体敏感性下降时，患者的射精潜伏期就会缩短而出现早泄。
