在小三阳患者中，确实有很多人病情很稳定，传染性很小，肝脏功能也没有问题。但也有很多患者血液中丙氨酸转氨酶异常升高，显示肝脏功能受到损伤。而且，这些病人身上的病毒还在继续复制、繁殖，肝炎也会持续恶化，不进行治疗而病情自己缓解的病人也很少见，而且往往迅速造成严重肝脏损害。
恶性小三阳的特点是：病毒不停地繁殖，或断断续续繁殖但不会长期停止、严重的肝脏坏死性炎症和进行性纤维化，很多患者发展成肝硬化以及肝癌，研究显示，大约有40%的病人都有肝硬化出现。
令人担心的是，这种肝炎病人为数不少。不但在全世界都有，而且比以往人们认为的更加常见。在地中海地区和东南亚地区，50-80%的慢性乙肝肝炎病人便属这类型，即e抗原阴性慢性乙肝肝炎。
香港的研究也发现所谓小三阳病者中17%有慢性乙肝;他们血里的病毒数量和大三阳病人没有什么差别。即使是丙氨酸转氨酶水平正常的病人，也大约有10%还是会有间歇性的乙肝病毒复制及肝功能异常，说明他们也不可掉以轻心。
是什么原因导致了恶性小三阳呢？大多数情况下是由于乙肝病毒基因突变，抑制了e抗原的合成，所以我们查不到e抗原，但病毒却是很厉害的。大部分e抗原阴性、e抗体阳性和乙肝病毒DNA阳性的乙肝病人体内都存在有乙肝病毒的核前或核突变种（核部分有e抗原的密码）。
