肛周脓肿是指直肠肛管周围软组织内或其周围间隙发生的急性化脓性感染，多形成脓肿。脓肿破溃或切开引流后常形成肛瘘（肛门周围的肉芽肿性管道），是常见的肛管直肠疾病。常见的致病菌有大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、链球菌和绿脓杆菌，偶有厌氧菌和结核杆菌，常是多种病菌混合感染。
直肠肛管周围脓肿发生感染的原因主要有以下四个方面：
肛门腺感染
肛窦位于肛管与直肠的交界处，呈漏斗状向上开口，易受损伤，且损伤后，易因细菌的侵入而引发感染。肛门腺开口于肛窦内，肛窦一旦感染就会引起肛门腺感染化脓，炎症就会逐渐向肛周的间隙内扩散。因为肛周间隙抵御感染的能力差，感染非常易于在这些间隙中扩散。
全身抵抗力下降
患有糖尿病或结核病等病、年老体弱、过度疲劳的人往往抵抗力较差，更易患有此病。
肛门局部刺激和损伤
如经常吃辣椒、喝酒等刺激性食物会导致肛管直肠局部充血，局部抵抗力降低而易引发感染。另外，干硬的粪便擦伤肛管皮肤黏膜，腹泻患者的稀便落在肛窦内导致肛门腺管阻塞，肛门直肠外伤或被不小心吞咽下的鸡、鸭、鱼骨刺伤肛管直肠等，均可导致肛门直肠周围发生感染而形成肛管直肠周围脓肿。
来源于肛门直肠的其他疾病
有的来源于内外痔疮的感染、肛裂或肛周皮肤感染，有的则来源于肛门部外伤或手术，极少数由结核溃疡性结肠炎或克罗恩病（一种局限性肠炎）引起。
