一般来说通过敏感的检测方法，可在患者血清、淋巴细胞和(或)肝组织中检测到乙肝病毒DNA。经肝穿刺检查，在肝组织中不但能找到乙肝表面抗原和(或)乙肝核心抗原，还有可能发现不同程度的炎症或纤维化。
目前越来越多资料和研究表明，无论是急性自限性肝炎，还是成功进行抗乙肝病毒治疗后慢性乙肝患者，乙肝表面抗原清除后部分患者肝组织中仍可检出乙肝病毒DNA，肝脏损害并没有停止，仍可发生肝硬化或肝癌，这种情况称作隐匿性乙肝病毒感染。
一、临床上，约有20%的隐匿性慢性乙肝患者病人除了乙肝病毒阳性之外，其余的乙肝病毒血清标志均为阴性，对此应该加以注意，另外，在诊断时，还需要排除由其他病毒和非病毒因素等所引起的肝损伤。
二、对于长期原因不明的肝炎、肝硬化，应想到存在隐匿性乙肝的可能。丙肝患者通过治疗，HCV-RNA已完全清除，但ALT(丙氨酸转氨酶)仍升高且不能用其他原因解释(脂肪肝、药物肝损害等)者，可能存在隐匿性乙肝。
三、如果慢性乙肝病毒携带者的血清乙肝表面抗原虽为阴性，但血清和肝组织中的乙肝病毒为阳性，并有慢性乙肝的临床表现，乙肝患者可伴有血清乙肝表面抗体，乙肝e抗体，和乙肝核心抗体阳性者，就可以诊断为隐匿性慢性乙肝。
