体外冲击波碎石常见的并发症有血尿、绞痛和发热等。治疗后，几乎所有的患者均会出现不同程度的血尿。绝大多数患者为一过性的肉眼血尿，一般情况下，血尿在１～２次排尿后即会减轻或消失，不需要特殊处理。但极个别严重的血尿，应嘱咐患者卧床休息，并给予止血药治疗，甚至输血。
绞痛多是由于肾结石粉碎后没能很快地排出，导致输尿管阻塞，从而发生急性输尿管结石梗阻。一般给予解痉止痛的药物可使其缓解，如持续不能缓解，间隔一定的时间后，应对阻塞的结石再行碎石治疗。
发热主要是由于碎石堵塞尿路，或治疗前尿路有慢性感染及感染性结石存在引起的。为防止发热的发生，对存在慢性尿路感染的患者，碎石前应该给予抗感染治疗；治疗时应尽量将结石粉碎成小颗粒，避免造成碎石后尿路的阻塞；治疗后一旦出现发热，应积极给予抗生素控制，并及时解除梗阻。如发热严重而尿路梗阻又不能很快解除，应考虑行经皮肾造瘘术。另外，体外冲击波碎石还可能对临近器官产生损伤等，但发生率极低。
此外，还有外科手术治疗，但随着体内冲击波的碎石技术和腔内泌尿外科技术的发展，需要手术的患者已逐渐减少，但有时还是要采用的。
