目前对多囊肾无特殊治疗方法，但尽可能采取措施延缓肾功能的损害，合并结石者依照尿路结石的处理原则进行治疗。较小结石可采取中西药物保守治疗并保证每日饮水2000ml左右，较大结石处理较一般病例困难，经皮肾镜取石相对不易，ESWL可引起肾脏局部充血、水肿，而且任何一种外科治疗都会导致囊肿感染发生的可能，应慎重对待。开放手术分囊肿去顶减压和取石二部分。多囊肾并结石的处理未能解决多囊肾的本身问题，该病重在预防，即降低风险患者的出生率。
该病属于中医“淋症”范畴，是以小便不爽，尿道刺痛为特点。常以小便排出砂石为主证，称之为“石淋”。中医采用内金 溶石方，集治疗和调理为一体，辨证施治。
临床常分为实证和虚实夹杂证两种类型：
1．实证型。症见尿中时夹砂石，小便艰涩，或排尿时突然中断，尿道窘迫疼痛，少腹拘急，或腰腹绞痛难忍，尿中带血，舌红、苔薄黄，脉弦或带数。治宜清热利湿，通淋排石，凉血止血。
2．虚实夹杂型。症见病久砂石不去，可伴见神疲乏力，精神萎顿，面白少华，舌淡红有齿痕，脉细弱无力，或伴腰腹隐隐作痛，腰膝酸软，手足心热，潮热，盗汗，神疲乏力，舌红少苔，脉象细数。治宜利尿排石通淋，或兼补益气血，或兼滋养阴液。若石淋日久不愈，也可转变为“劳淋”（小便淋沥不已，遇劳则发），应从劳淋论治。临床应辨明虚实，标本兼治。
尚须注意以下几点：
把握中药排石疗法的适应症 运用排石疗法的条件是：
（1）结石直径小于1.0厘米，形状规则，表面光滑，并且与肾盂肾盏无黏连而游离于腔内者
（2）泌尿道无明显畸形、狭窄和感染
（3）无严重肾积水，肾功能尚好者
（4）青壮年体质好，能配合大量饮水及参加有利排石的体育活动。只有充分了解用排石药的条件，患者才能对多种治疗手段作出最佳的自我选择。
服排石药应注意多饮水、勤活动 服药期间应大量饮水，每日2000～3000毫升，尽可能使尿量达到每日2000毫升以上。这样可稀释尿液，减少尿盐沉淀，有利于结石排出。要鼓励自己多跳、多跑，常做体操，促使结石移动、下降，以利自行排出。
治疗期间不可忽视饮食宜忌 尿结石病人的饮食原则倾向于低动物蛋白、高维生素的素食。对结石合并痛风者应限制肉类，忌食动物内脏，每日蛋白质摄入量以不超过90克为宜；少食菠菜、香菇、菜花，多进食水果。尿液的碱化在尿酸结石的预防和治疗中有重要意义，宜选食碱性蔬菜和水果，使尿液PH值保持在6.2～6.5的范围内。
高钙尿性结石用低钙食物作为预防和治疗方法，可减少发病和防止复发。有报道，每日服用10～24克脱脂米糠，连服4周～2个月，并把钙摄入量限制在每天700毫克以内，可利用米糠中含植酸的磷酸盐与钙相结合，使钙的摄入减少。
草酸结石发病率占尿石症中的绝大多数，要求限制摄入高草酸、高乙醇酸及高钙食物。如：菠菜、土豆、甜菜、芦笋、油菜、榨菜、雪里红、核桃、榛子、李子、草莓、橘子、胡萝卜、豆角、芹菜、黄瓜、巧克力、浓茶（红茶）、海带、虾米、带鱼、糖等是高草酸食物。青葡萄、酸橙、香菇、甜菜、核桃、菠菜、梨、西红柿、白薯等是高乙醇酸食物。奶粉是高钙食物。
本病结石直径≥8mm时，中西医保守治疗效果不佳。直径》10mm时，建议作体外碎石和手术取石。由于结石引起严重尿路梗阻，肾积水长期不能解除，影响肾功能时，应尽快手术治疗。结石梗阻在尿道时，疼痛剧烈，无尿，此时应作跳跃动作和大量饮水，这有利于结石的排出。本病的预防在于平时多喝水，释稀尿液，促进细小结石排出体外。此外，少吃菠菜、海味，及时治疗泌尿系感染和先天性畸形，对预防和治疗本病都有益。
