性病性淋巴肉芽肿潜伏期根据临床表现分为如下三期：
一期：生殖器上出现初疮，直径约0.3-0. 6cm，不痛，以后糜烂、溃破成初疮溃疡，常单个发生，有时也可2-3个发生，约1周左右开始愈合，不留瘫痕。
二期：初疮发生后1-4周左右，单侧或双侧腹股沟淋巴结肿大，成为横痘。此类横疙开始孤立发生，以后互相融合成团。开始质地较硬，经数周后变软破溃，形成疹管。
三期：发病1^-2年，由于上述病变造成琳巴回流受到阻碍，男性病人会出现阴茎与阴囊象皮肿，局部肿胀，皮肤变粗糙质硬。同性恋者会发生直肠狭窄。
由于性病性淋巴肉芽肿，又称为腹股沟淋巴肉芽肿，于是本病容易在概念上与另一种性传播疾病腹股沟肉芽肿相混淆。其实，性病性淋巴肉芽肿是腹股沟部位淋巴结发生肉芽肿性病变，而腹股沟肉芽肿是初起于生殖器官、腹股沟或肛门周围的病变，发生肉芽肿变，并非是腹股沟淋巴结的问题。
