癫痫的发病机制非常复杂，中枢神经系统兴奋与抑制间的不平衡导致癫痫发作，主要与离子通道神经递质及神经胶质细胞的改变有关。
离子通道神经递质功能异常
离子通道是体内可兴奋性组织兴奋性调节的基础，编码基因突变可影响离子通道功能，从而导致某些遗传性疾病的发生，目前认为很多人类特发性癫痫是离子通道病，即有缺陷的基因编码有缺陷的离子通道蛋白而发病，钠离子、钾离子、钙离子通道与癫痫相关性的研究较为明确。癫痫性放电与神经递质关系极为密切，正常情况下兴奋性与抑制性神经递质保持平衡状态，神经元膜稳定。兴奋性神经递质过多或抑制性递质过少，能使兴奋与抑制间失衡，使膜不稳定并产生癫痫性放电。
神经胶质细胞异常
神经元微环境的电解质平衡是维持神经元正常兴奋性的基础。神经胶质细胞对维持神经元的生存环境起着重要的作用。当星形胶质细胞对谷氨酸或γ氨基丁酸的摄取能力发生改变时可导致癫痫发作。
Tips：遗传因素是导致癫痫尤其是特发性癫痫的重要原因，分子遗传学研究发现，部分遗传性癫痫的分子机制为离子通道或相关分子的结构或功能改变。
