HIV感染的母亲其婴儿由于母体抗体的存在，用抗体检测法通常为阳性，但实际上只有20%-60%的婴儿受到HIV感染，因此，对这些婴儿进行HIV感染的早期诊断是十分重要的。现已证明30%-50%的这些新生儿可在母亲的子宫里、在分娩和引产或通过产后哺乳时从其母体感染HIV。
新生儿血清阳性者并不能说明是HIV感染，因为母体HIV抗体可持续大约15个月之久。在一般情况下，婴儿并不表现出HIV感染的任何症状。病毒细胞培养法对婴儿并不是一种可靠实用的方法，HIV特异IgM抗体的检测在母体抗体存在下是不可能的，在过量血清抗体存在下检出血清中的HIV抗原也是十分困难的。
另外，婴幼儿被HIV感染后病情发展较快，早期诊断对及时采取治疗措施，延缓病情发展极为重要。目前所使用的抗病毒药毒性大，因而不能用于HIV抗体阳性而未感染的婴幼儿，但当用PCR检测出HIV的RNA序列后，即可进行抗病毒治疗以及加强免疫机能和营养的治疗，在一项研究中，14名血清阳性母亲的新生儿用PCR检测，其中6个为阳性；在出生后12-15个月内血清阴性的10个儿童中有5个为PCR阳性。从血清阳性母亲出生1个月的新生儿中，收集的外周血单核细胞经PCR检测，7个为阳性的婴儿，其中5个在检测后10个月得艾滋病；而PCR阴性的9个婴儿，在16个月的追踪检查期间身体状况良好。这些研究表明，PCR技术对被HIV感染母亲的新生儿和血清阴性儿童进行早期的直接的HIV-1检测是十分重要的。
