一、环境因素
1.感染。孕妇如在怀孕的前三个月患有病毒感染或细菌感染，最常见的是感冒，尤其是风疹病毒，其次是柯萨奇病毒。
2.其它。如羊膜的病变，胎儿周围局部机械压迫，妊娠早期先兆流产，母亲在妊娠期使用某些药物，患慢性疾病、缺氧、母体营养不良或维生素缺乏、糖尿病、苯酮尿、高血钙，放射线和细胞毒性药物在妊娠早期的应用，母亲年龄过大，流产保胎和多胎等因素均有生出患有先天性心脏病的婴儿的可能。
二、遗传因素
先天性心脏病具有一定程度的家族发病趋势，即同一家族中可能会有多人患有先天性心脏病。
三、其它因素
有些先天性心脏病的发病率在高原地区较高，如动脉导管未闭。有些先天性心脏病有显著的男女性别间发病差异，说明出生地海拔高度和性别也与本病的发生有关。
在先天性心脏病患者中，能查到病因的是极少数，但加强对孕妇的保健，特别是在妊娠早期积极预防风疹、流感等风疹病毒性疾病和避免与发病有关的一切因素，对预防先天性心脏病具有积极意义。
预防
分为三级预防：
一级防治： 加强孕期保健，远离高危因素
一级防治是对先心病致病危险因素进行调查，发现那些可能导致先心病的病因和危险因素，最终减少或消除这些先心病患病危险因素，从而减少先心病的发生率。
二级防治： 开展高危孕妇胎儿超声心动检查
二级防治是通过孕期筛查，发现那些已患先心病的胎儿，对那些复杂的、难治的和远期效果差的先心病患儿进行早期干预，一定程度上减少先心病的发生率。
在先心病二级防治中，高危孕妇胎儿超声心动图检查是重点。研究发现，对高危孕妇筛查胎儿心脏结构和发育情况，约67%的先心病可经超声四腔心切面筛查出来。
发现异常者，定期监测胎儿心脏功能，待分娩后转诊至小儿心脏专科进行手术治疗。
对于查出的严重、无法彻底矫治的先心病患病胎儿，应给予必要的优生学指导，及时终止妊娠，这将极大的减少出生婴儿中先心病的疾病负担，减少家庭、社会精神、经济压力，对于优生优育、提高出生人口素质、降低新生儿死亡率、缓解医疗资源供需不平衡矛盾等方面均具有重要意义。
三级防治：早诊断、早治疗，减少先心病危害
三级防治则是通过各种手段，对已患先心病的孩子进行早诊断、早治疗，减少先心病的危害，提高先心病患儿治疗效果，使孩子能早日顺利恢复健康、回归社会。
