肝切除术是目前肝癌治疗最有效的根治性手段和首选方法。对于可一期切除的肝癌应及时行根治性切除。肝癌患者多伴肝硬化或慢性肝炎，不规则性局部根治性切除肝肿瘤可最大限度地保留正常肝组织，有利于术后恢复，提高肝癌切除率，降低手术死亡率，其远期疗效也与规则性切除相仿。对外科手术的指征也不断扩大，对于肝癌伴门静脉癌栓或胆管内癌栓时，只要肿瘤可能切除，宜积极手术治疗。
合并严重门静脉高压在肝癌切除的同时行脾脏切除和断流术，也取得满意的效果。对于经手术探查或影像学检查证实肿瘤巨大或贴近大血管难以根治性切除者可采用非切除的姑息性外科治疗(如肝动脉结扎加插管化疗、术中冷冻或微波治疗等局部治疗)或非手术治疗(以肝动脉化疗栓塞为首选)，待肿瘤体积明显缩小后再行二期切除，使一部分肝癌由不可治转变为部分可治，其远期疗效优于一期姑息性切除。
而对于肿瘤较大(直径大于8cm)及多个结节的肝癌，往往包膜已不完整，且多有肝内播散及门静脉癌栓存在，一期切除多为姑息性切除，常难彻底清除肿瘤，术后因肝切除的刺激又可能加速残癌的播散和转移。对于姑息性切除的患者，术后应积极抗肿瘤治疗，控制肿瘤的生长，进一步延长患者带瘤生存时间。
对于不能切除的患者，宜积极采取综合治疗。肝癌患者术后应予以综合治疗，预防肝癌的复发。为减少切除术后复发，术中须重视无瘤原则，手术操作应仔细，避免局部过度挤压，减少医源性扩散，尽力保证足量切缘，彻底清除癌栓。
由于肝癌周边肝组织多存在微小病灶及门静脉癌栓，故局部切除切缘应距瘤体1.5cm以上。术后应定期复查，如有残癌或复发应及时治疗。术后可行肝动脉造影检查及适量化疗栓塞，以早期发现和治疗残余病灶和转移灶，未发现病灶者亦利于清除可能残存的肿瘤细胞。对于切除术后复发的肝癌，凡有条件者应积极争取再手术切除，而病灶较深、多发、肝功能差的患者可采用非手术治疗。
肝移植适用于小肝癌合并严重肝硬化的患者，但静脉癌栓、肝内播散或肝外器官转移者应列为禁忌。肝移植的远期疗效优于肝切除术。目前不宜作为常规治疗的选择。
