现在一般肾结石行手术取石仅是少数，其手术指征也是相对性的，可归纳为：
①结石大于1cm，并存在肾盂输尿管交界处狭窄者（多为先天性畸形）;
②肾盂原性囊肿内结石，症状明显;
③孤立肾较大结石;
④结石诱发癌变;
⑤结石引起急性梗阻性少尿或无尿;
⑥并发感染脓肾毁损严重者;
⑦震波失败者。手术的方式方法较多，主要有以下几种：
1.肾盂或肾窦切开取石术：多用于肾盂或肾盏内单个结石。优点是手术较简单，出血与并发症少。若是多发性小结石，可用凝块法取石，但仍有取不完结石的可能。对有肾盂输尿管连接处狭窄伴发肾结石者，在取石同时应行肾盂成形术，以解除梗阻，预防结石复发。
2.肾实质切开取石：适用肾内型肾盂较大的肾盂肾盏结石。肾实质的切口在肾的背面外侧缘内1.5cm的少血管Brodel白线上或该线内0.5cm，作放射状或呈弧形切开肾实质。为保护肾功能，常需在阻断肾蒂血管后进行局部降温。鹿角形结石或较大多个分散结石可行肾实质劈开取石，亦可做离体肾工作台取石术与髂窝肾移植术。此法虽有取完结石的优点，但手术复杂，创伤大，故应用不多。
3.肾部分切除术：多用于结石集中在肾上极或下极，或存在盏颈狭小，宜切除肾的一极，否则结石不易取完，术后易复发。
4.肾切除术：现在很少应用，仅在肾大量结石伴有严重感染、积脓或患肾功能丧失，或癌变而对侧肾正常时采用。
5.特殊类型的肾结石处理：
①一侧肾结石对侧输尿管结石，应先处理有梗阻的输尿管结石;
②双侧肾结石应先处理梗阻较重的一侧;
③若双肾结石伴有肾功能不全，宜先行肾功能较好的一侧取石;
④如病情严重结石难以去除，可先行经膀胱镜输尿管插管肾盂引流或肾造瘘术，必要时手术前后行透析治疗。
经皮肾取石术现已在国内外较广应用，除可单独取石外，亦可配合震波碎石术，缩短疗程，获得良好效果，但常可发生并发症，应加强防治工作。
