多数肛瘘是不会癌变的，但仍有少数肛瘘病人可发展为恶性病变，特别是近年来，有关肛瘘十年以上恶变为癌的报道增多。介绍，肛瘘病癌变的原因主要是下面这三个。
1、长期的慢性炎症刺激。炎症的长期存在，使得脓性分泌物及粪便从瘘管排出，从而刺激组织细胞异常增生，导致恶性病变。
2、细菌感染。细菌长期存在于瘘管内，特别是绿脓杆菌或结核杆菌感染，可不愈，从而导致癌变。
3、药物刺激。长期、大量使用各种局部外用药，经常刺激局部，导致癌变。
