肛瘘多为肛门直肠周围脓肿溃破或切开后所遗留的慢性感染的管道，一般只有一个内口和一个外口，也有多发性的，称为复杂性肛瘘。肛瘘多不能自行愈合，因为内口持续开放，不断有粪便及细菌侵入，造成感染，使管壁纤维化，加上管壁弯曲狭窄，引流不畅。即使外口皮肤愈合也只是暂时性的，故多反复发作。脓肿破溃或切开后不能愈合，最终形成瘘管，其主要原因：
①肛门直肠周围脓肿破溃或切开多在肛门外，脓液从外口流出，但原发感染多在肛窦。肛窦则是继发感染的门户，反复感染，形成瘘道。
②瘘道弯曲、或有窦、分支，引流不通畅，脓液潴留，反复感染，造成瘘道不易愈合。
③瘘道多在肛门括约肌之间通过，由于括约肌经常不断地收缩与舒张，压迫瘘道，影响脓液的排除，容易贮脓感染而难以愈合。
④肛门静脉回流不畅，局部经常淤血，组织营养不良，影响愈合。
⑤直肠内有一定的压力，将直肠感染物质如粪便、气体，可经常不断地从内口进入瘘道，刺激腔壁，继发感染后由外口排出，也是造成瘘道的原因。
⑥结核杆菌、放线菌等感染所形成的脓肿，克隆氏病等难以自愈而形成特殊性肛瘘。
⑦肛门直肠周围脓肿破溃后，脓液排出，脓腔逐渐缩小，外部破溃口和切口也缩小，腔壁形成结缔组织增生的坚硬管道壁，因而不能自然闭合。
肛瘘的诊断不困难，但要正确地寻找到瘘管的走向、瘘管的内口却是不太容易的。因此，掌握正确的检查方法非常重要。
①肛窦钩检查：以窥器伸入肛门，可见有红肿炎症的肛窦，内口多在此处。用肛窦钩反复检查肛窦，不难找到内口。探时忌用暴力，以免穿破正常肛窦，造成新的感染内口。
②探针检查：用探针从瘘外口伸入瘘管，食指伸入肛管，多数探针可在齿线处的内口穿出。对瘘道弯曲者，探针多不能顺利穿过，切忌用力过猛，使探针穿破瘘管壁，造成新的感染。
③美蓝标记：将一块适中的纱布放置于肛门内，而后将5%的亚甲蓝水溶液由外口注入瘘管，然后轻轻将纱布拉出，观察内口的位置。尔后，用窥器扩开肛门，在齿状线附近，着色最显着处，以肛窦钩或探针探查，多数可发现内口。
④其他：如X线检查、肛管压力测定等检查方法，较少用，有条件者也可采用。
