大部分肛瘘是由直肠肛管周围脓肿引起的，主要症状是肛瘘外口流出少量脓性、血性、黏液性分泌物。由于分泌物的刺激，可使肛门潮湿、瘙痒，有时可形成湿疹。当外口愈合，瘘管中有脓肿形成时，可感到明显疼痛，同时可伴有发热、乏力等全身症状，脓肿破溃或切开引流后，症状缓解。上述症状反复发作是肛瘘的临床特点。肛瘘不能自愈，如不及时治疗会反复发作直肠肛管周围脓肿，因此必须手术治疗。
肛门是人体的排泄器官，与肛门直接相接的肛管和直肠。由于此处的细菌最多，是人体最易发生感染的部位，肛管周围的感染极易形成脓肿。脓肿经手术切开引流或自行破溃后，粪便仍可由肛管直肠壁上的原发感染灶进入脓腔，脓腔内脓液常不易引流，长期炎症刺激可使脓腔壁纤维化，不易愈合，而形瘘管。这种病理变化的结果即肛瘘的形成。有些人会觉的肛瘘就是等同于痔疮，其实，肛瘘和痔疮是两种肛肠疾病。肛瘘是指肛门周围的肉芽肿性管道，由内口、瘘管、外口三部分组成，内口常位于直肠下部或肛管，多为一个;外口在肛周皮肤上，可为一个或多个。
而痔疮是指直肠下端粘膜和肛管皮肤下的直肠上、下静脉丛扩张、迂曲而形成的团块，当发生脱垂或出血等临床症状时称为痔疮。痔疮的形成主要是因腹腔压力增高，影响直肠和肛管的血液循环，血液回流受阻。如大便干结、大便次数增多、大便时间过长、久坐、腹部肿瘤、肝硬化门静脉压力增高、长期咳嗽、久病体虚、中气不足、饮酒、习食辛辣燥热食品、妇女妊娠、分娩等均可发生痔疮。
肛瘘的诊断不困难，但要正确地寻找到瘘管的走向、瘘管的内口却是不太容易的。因此，掌握正确的检查方法非常重要。
①肛窦钩检查：以窥器伸入肛门，可见有红肿炎症的肛窦，内口多在此处。用肛窦钩反复检查肛窦，不难找到内口。探时忌用暴力，以免穿破正常肛窦，造成新的感染内口。
②探针检查：用探针从瘘外口伸入瘘管，食指伸入肛管，多数探针可在齿线处的内口穿出。对瘘道弯曲者，探针多不能顺利穿过，切忌用力过猛，使探针穿破瘘管壁，造成新的感染。
③美蓝标记：将一块适中的纱布放置于肛门内，而后将5%的亚甲蓝水溶液由外口注入瘘管，然后轻轻将纱布拉出，观察内口的位置。尔后，用窥器扩开肛门，在齿状线附近，着色最显着处，以肛窦钩或探针探查，多数可发现内口。
④其他：如X线检查、肛管压力测定等检查方法，较少用，有条件者也可采用。
