1.甲亢性心脏病
甲亢性心脏病是指甲亢患者出现心律失常、或是心脏扩大、或是心力衰竭者，以病史较久未能良好控制者和老年甲亢多见。本病除有典型甲亢临床表现外，其常有心悸、呼吸困难、心前区疼痛、过早搏动（早搏）或阵发性房颤，甚至出现持久性房颤。治疗主要是控制好甲亢，如果出现心衰、心律失常可以对症处理，甲亢控制好后一般可以完全恢复正常。
2.甲亢性突眼
甲亢性突眼可与甲亢同时发生，也可以出现在甲亢之前或好转以后。眼病的严重程度和甲亢多数不平行，有些病人甲亢不明显，眼病却很严重。可分为非浸润性突眼和浸润性突眼。前者表现为眼裂增宽、眼睑后缩、凝视、眨眼减少及轻度突眼；后者可表现为过度流泪、怕光、眼部肿痛、刺痛、异物感，眼睛不能闭合、结膜水肿及充血、眼眶内组织水肿、眼球活动受限，视物成双、视野缺损、视力减退，甚至失明。对于良性突眼不需特殊治疗，仅治疗甲亢即可。浸润性者在用抗甲状腺药物治疗的同时，可使用肾上腺糖皮质激素治疗，少数需用眼部放射治疗或眼部手术治疗。不论采用哪种治疗，治疗期做好眼部护理是很重要的，眼部护理包括睡眠时抬高床头，外出时戴太阳镜以避光防尘，滴眼药、涂眼膏或戴眼罩等。
3.慢性甲亢性肌病
本病较多见，可发生于80%的甲亢患者，起病较慢。病人常诉说蹲下、起立、上楼及梳头动作困难。治疗方法主要是治疗甲亢，除对症处理外，尚无特殊治疗方法。一般可以随着甲亢病情的缓解而减轻。
4.甲亢合并周期性麻痹
本病多发生在男性青壮年身上，发作时常伴血钾过低，高碳水化合物饮食可诱发本病，常在半夜发作。主要表现为四肢及躯干发作性软瘫，以下肢瘫痪更为常见，严重时可有呼吸肌麻痹，伴有腱反射消失，发作可持续数小时至数日，发作频数个体差异很大。本病可能与钾由细胞向细胞内转移有关。治疗主要是补钾治疗，对于以前没有甲亢病史的患者，如果发生了低钾导致的瘫痪，一定要明确是否存在甲亢。
5.甲亢危象
甲亢危象常见于甲亢病情长期未控制者，以老年人较多见。常与感染、精神创伤、手术、分娩、劳累过度、突然停药等有关。主要表现为高热或超高热（常高于40℃）、脉率增快（常高于160次/分）、烦躁、恶心、呕吐、腹泻、大汗、兴奋和颤抖，甚至意识朦胧、昏迷。本病可危及生命，死亡率较高，应以预防为主，一旦发现应积极治疗。治疗原则是用药抑制甲状腺激素的生成及分泌，降低脑及周围组织对甲状腺激素的反应和一般对症处理。
6.血白细胞减少
甲亢本身，由于末梢血管的扩张，或甲状腺激素对骨髓的影响，可以出现末梢血中白细胞相对或绝对的数量减少，临床可见血清白细胞在正常值的低限，在治疗后，随着甲亢病情的好转可上升到正常水平。
7.其它并发症
重症肌无力、恶性贫血、白癜风、Addison病、糖尿病、斑秃、类风湿关节炎、肾小球肾炎、硬皮病、红斑狼疮、干燥综合征、特发性血小板减少性紫癜、其与自身免疫性甲状腺炎，其与自身免疫性甲状腺疾病伴随的疾病不完全相同。这些并发症在临床上均不常见。
