现代医学理论认为，胃酸和幽门螺杆菌感染是消化性溃疡病的两大致病因素。由于幽门螺杆菌可深藏于腺体细胞内，单用奥美拉唑或抗菌药物治疗效果都不理想，且幽门螺杆菌的根除率不高，奥美拉唑与克拉霉素、阿莫西林、甲硝唑、替硝唑、呋喃唑酮等抗菌药联合应用，治疗幽门螺杆菌感染性溃疡能起到协同作用，增加疗效。
奥美拉唑造成胃内碱性环境，使四环素不易吸收，氨苄西林和酮康唑吸收也减少，血药浓度下降。奥美拉唑对洛美沙星和环丙沙星的药效无显著性影响。
奥美拉唑抑制强的松转化为活性形式，降低药效。
铁剂的吸收依赖于胃酸的存在，奥美拉唑抑酸作用影响铁剂的吸收，故奥美拉唑与铁剂不宜合用。必要时，可适当增加铁剂的剂量。
奥美拉唑抑制胃酸分泌，不利致癌性亚硝酸盐转化为无毒物质。联用维生素C或维生素E，可能限制亚硝酸化合物形成。另外，长期服用奥美拉唑可引起维生素B12的缺乏，很可能是引起神经系统病变的原因之一。且这种影响与奥美拉唑剂量有关，剂量越大，影响越大。
戒酒硫与奥美拉唑联用时可出现神志错乱、定向障碍、肌僵直和牙关紧闭等不良反应。
国外研究表明，奥美拉唑可减慢抗癌药甲氨蝶呤的排泄。连续静脉滴注垂体后叶素时，口服奥美拉唑20毫克，每天二次，治疗食管和胃底静脉曲张破裂出血，总有效率88%，优于单独用药。
