采用药物流产可有以下副作用：
1、 约有3%的不全流产率和约1%的继续妊娠率；
2、 药物副反应，如早孕反应、胃肠反应，恶心不适等；
3、 阴道出血时间较长，平均14～15天；
4、 感染的可能。由于阴道出血时间较长，患者若不注意外阴卫生、流产后过早性交等，可引起生殖器炎症，表现为腹痛、发热、阴道流血，阴道分泌物有臭味，白细胞增高、子宫复原不全，子宫及附件有压痛等。
这些复杂情况只有专科医师才能准确把握。
因此，专家建议，药物流产必须由专门医师负责，并需要在具备急救条件的医疗单位进行。私自用打胎药极有可能导致不全流产、大出血、休克、感染甚至终身不育等，对妇女健康造成极大威胁。
