持续高水平的乙肝病毒复制，是发展成为肝硬化或肝癌的高危因素，而有效的抗病毒治疗可减少肝硬化和肝癌的发生率。选用抗病毒药物，应根据病人的年龄、病情轻重、是否合并有肝硬化、病毒载量有无变异、是否应用过抗病毒治疗、是否合并其他疾病等情况来综合判断。
一般来讲，首选核苷类抗病毒药物，如拉米夫定、阿德福韦酯、恩替卡韦、替比夫定，用药至少需要1年以上，以减少疾病反弹的机会。
重型肝炎患者服用拉米夫定，可有效抑制病毒复制，降低血清及肝组织内的病毒载量，并改善肝组织的炎症坏死程度。大部分患者对其耐受性较好，其主要缺点是容易导致耐药。
阿德福韦酯能抑制病毒复制，有效降低病毒载量，特别是对于拉米夫定耐药的患者仍然有效。因此可用于拉米夫定治疗后发生病毒变异的病例，也可以用于中、重度肝功能不全的患者。其常用剂量是安全的，但应用大剂量可能出现肾毒性。
恩替卡韦是HBVDNA聚合酶的有效抑制剂，可抑制病毒复制的启动和延长步骤，发挥作用较快，作用更强，对拉米夫定耐药的病毒株也有明显的抗病毒作用。
对e抗原阳性、无肝硬化失代偿、年轻、病毒载量低的患者，可使用干扰素进行治疗，疗程至少6个月。如果患者病毒载量偏高、有干扰素的禁忌症、用干扰素治疗无效或肌注后出现高烧不能耐受者，可选用拉米夫定或阿德福韦酯。
值得注意的是，对于急性乙肝伴有骨髓抑制或糖尿病的病人，不宜给予抗病毒治疗;重型肝炎病人，不能用干扰素治疗，以免加重肝细胞坏死。
急性丙肝(HCV)感染的慢性化发生率高达50%～85%，进展为肝癌的平均时间约20年，较HBV感染后发展为肝癌的平均时间短。因此，一旦确诊为急性丙肝，应及时给予抗病毒药物治疗，在医生指导下应用长效干扰素和利巴韦林，足量、足疗程给药，不能轻易停药，以避免造成病情波动和反复。
