辣椒在防治疾病方面亦有专长，医药工作者把它制成“辣椒酊”“辣椒软膏”等，前者内服可发汗、驱虫、促进食欲、治疗感冒。后者用于防治冻疮、风湿痛、腰肌痛、神经痛等。此外，一般的外科炎症如腮腺炎、蜂窝组织炎、多发性疖肿、外伤瘀肿、扭伤、碰伤等，用辣椒软膏治疗都可收到满意效果。
辣椒虽好，亦不宜吃得太多，因为它刺激性很强，会促使口腔、食道、肠、肛门等整个消化道黏膜充血、水肿、分泌旺盛、蠕动加快。患有肠胃炎、胃溃疡、高血压、咯血以及眼红目赤的热症病人应当禁食辣椒;患有尿道炎、膀胱炎、肝炎、肾炎、肺炎、咽喉炎、痔疮、疖肿的病人也应少吃或不吃。
辣椒中所含的辣椒素具有双向功能：它既可致癌，又可抗癌，关键在于“量”的多与少。国外专家曾对印度、韩国爱吃辣椒的民族进行抽样调查，该地区居民食辣量大，所以患胃癌和结肠癌的病人比其他地区高出3倍。
专家解释：食辣过多，辣椒素会引起血压升高，从而导致视神经的损伤以及消化道溃疡，刺激或诱发消化系统癌症的发生。
而少量的辣椒素经过血液进入肝脏后，则变成一种具有抗癌作用的物质，保护人体不受癌症侵犯。可见，平时少量吃辣椒对人体有益，而进食过多则有百害无一利。
