微波烹调是让食品分子快速加热的新方式。它所加热的，实际上主要是食物中的水分子，所以适合于各种富含水分的食物。
微波烹调能更多保留维生素。由于微波烹调效率较高，所需时间较短，出水较少，在达到成熟或达到杀菌要求时，各种维生素的损失低于油炒烹调的方法，更大大低于水煮方法。
微波烹调能保持蔬菜新鲜。一项用绿芦笋做的研究可以说明问题。为了制作芦笋罐头，研究者设计了几种灭菌设备，一个是微波循环水加热系统，另一个是高压水加热系统，还有普通蒸气加热系统。最后发现微波系统灭菌的抗氧化活性比其他两种方法还要高一些。微波烹调能保持蔬菜颜色鲜绿，叶绿素损失较小。如苦菜经过微波烹调后，叶绿素损失只有8.2%，而焯烫之后叶绿素的损失达46.9%。
微波炉还能减少加热所产生的致癌物质。研究发现，微波加热时间短，容易控制，不容易造成加热不均匀和加热过度的现象，所以能够减少食品高温加热所产生的致癌物质，比如蛋白质过热形成的杂环胺，还有淀粉类食物过热产生的丙烯酰胺等。
不过，凡事有利就有弊，微波烹调可能会降低肉中有益脂肪酸含量。 在一项最新研究报告中，对牛肉加热之后的脂肪酸变化进行了测定。有的用微波加热，有的用传统蒸煮方式加热，一直到牛肉的中间温度相同为止。结果发现，与蒸煮方式相比，微波加热时，欧米伽3的比例明显下降。而较低温度的蒸煮方式不仅对不饱和脂肪酸影响比较小，甚至还会略微增加多不饱和脂肪酸的含量。
因此，微波炉烹调更适用于汤汤水水和蔬菜等高水分低脂肪食品，而鱼类、鸭肉、海鲜、蛋黄等含有欧米伽3较为丰富的食物，还是选择传统蒸煮烹调方式更好。
