肛裂的临床症状表现为疼痛和出血。其痛很有特点，即先于排便时突发刀割样疼痛（由于粪便划破肛管皮肤所致），然后短暂缓解，继而出现长时间肛痛（由于肛门括约肌受刺激后产生痉挛所致）。临床常见患者因怕痛畏惧排便，出现“怕痛----忍便----便干----更痛”的恶性循环现象。肛裂引起的出血也因撕裂血管的程度或多或少，常见因肛裂长期或大量出血而至贫血的病例。
肛裂早期如果得不到及时治疗，会出现肛管溃疡（裂口纤维化，又称陈旧性肛裂）、肛乳头肥大（息肉样瘤）、哨兵痔（皮赘增生）等三种病症，继续发展还可出现肛窦炎（肛门慢性炎症）和肛瘘（肛门化脓性炎症），与前三症合称“肛裂五特征”。也有因长期慢性炎性刺激成肛管癌的可能。
