HIV水平的降低伴随着与HIV类似的关键前体蛋白Gag的封闭过程。事实上该蛋白位于含有自噬蛋白LC3的复合物中。“这看起来自相矛盾，”Deretic说。“但只是有些东西你还不知道。人们在酵母菌中发现自噬并不仅仅是一个降解的过程，它还在某些生物合成途径中起作用。”包括将Cyt蛋白转运至液泡中。同时，研究结果也显示Gag蛋白可能由自噬体或其组分携带用于物质转运以完成其成熟过程。
研究组随后寻找病毒‘搅拌器’以便封闭自噬体但允许Gag蛋白作用。首选是HIVNef蛋白，它可与液泡内的质子ATP酶相互作用从而阻断生物必需的酸化过程使得细胞器降解。使用成熟病毒，研究组发现缺乏Nef蛋白的HIV不再从增加的自噬作用中获益取而代之的是病毒的降解。目前还不清楚Nef究竟是如何封闭自噬体阻止其成熟的。
该研究的临床应用肯能为时尚早。如果治疗设想是通过使用例如能诱导自噬的雷帕霉素杀灭病毒，那么首先需要封闭Nef蛋白，Deretic提醒道。该想法并非没有现成实例的支持。“在澳大利亚就有缺失Nef蛋白的HIV病毒株，”他说。“由于病毒不能通过自噬大量复制，所以感染该株病毒的人不会进展为艾滋病。”
Deretic还有另一个让人兴奋的主意。高活性抗逆转录病毒治疗常将血液中的病毒负荷一扫而光。但病毒仍然存在于特定局部例如肠淋巴样组织中。“我希望，”Deretic说，“能够到达那些局部位置将抗逆转录病毒疗法无法真正杀伤或对其有抵抗的病毒完全杀灭。我对此抱有很大希望因为自噬作用将能够帮助我们做到这一点。仅仅五年之前，我们都不敢对此有所奢望。”
