目前治疗尖锐湿疣的常用方法有理疗（如电灼、二氧化碳激光、冷冻）、局部用药（常用的有5-氟尿嘧啶软膏、足叶草酯、足叶草毒素、肽丁胺霜）和手术治疗。每种方法各有不同的适应症。不足之处是大部分尖锐湿疣治疗后均有可能复发，也有可能发生再感染发作。
那么，如何降低尖锐湿疣的复发率和再发率？主要在如下几个方面采取措施进行预防：选择正确治疗方法，治疗后定期随访复查（一般3个月内），发现复发或再发就及时治疗;治疗后一个月不要同房，半年内使用避孕套，避免交叉感染;注意个人清洁卫生，保持局部皮肤黏膜清洁干燥，避免搔抓，减少自身接种。据文献报道，一种新型免疫调节剂咪喹莫特已在英美等国上市，这是一种外用药，主要通过诱导局部炎症及细胞因子产生而启动针对该病毒的细胞免疫应答，起到抗病毒作用。与传统治疗方法相比，其优点在于治愈率较高而复发率相对较低，局部反应较轻，无全身副反应，病人可自己用药。
目前，治疗尖锐湿疣的广告满天飞，把自己的“医术”吹得神乎其神，一副包治百病的噱头。希望广大读者不要轻易相信江湖骗子的把戏。若发现生殖器出现皮疹，或其他部位发生类似尖锐湿疣的疣状物，应到正规医院请有经验的皮肤科或性病专科医生详细检查，必要时行病理组织及免疫生化等检查，明确诊断。切忌在诊断不清楚时，自行急于治疗（如外涂药液）。因为一旦外涂药液，皮疹的性状发生了变化，会给医生的诊断带来困难。
有的人因羞于上正规医院检查，常常到一些非正规医疗单位诊治，结果很可能是：不管是不是尖锐湿疣，一律当成尖锐湿疣来治，用电灼或激光治疗。这种做法往往会给不法之徒带来丰厚的收入，而留给自己的是无尽的痛苦和沉重的精神负担。
