肛瘘是由于肛肠部位受到感染，由肛窦炎等炎症引起，由内而外发病。在发病初期，肛周部位可见脓包，叫做肛周脓肿，肛周脓肿破溃后，皮下组织形成纤维化的瘘管，就是肛瘘。
肛瘘形成是怎么回事？
第一个阶段：肛隐窝、肛门瓣感染发炎。开始仅限于局部的炎症，这时若未能及时治疗，炎症会向肛门周围蔓延。
第二个阶段：炎症从局部的肛隐窝和肛门瓣开始，逐渐蔓延扩散，形成肛门直肠周围炎。假如炎症不能得到控制，就可能侵入到抗病能力低的组织间隙之中。
第三个阶段：鉴于肛门直肠周围组织间隙的抗病能力下降，便成为病菌入侵、扩散、积聚繁殖的地方，致使这里的组织容易感染发炎，正不胜邪，而形成肛门直肠周围脓肿。若肛门直肠脓肿在早期能够处理得当，往往可使脓肿消散治愈，不遗留后遗症;如延误早期的治疗时机或处理不当，组织坏死脓液可顺其局部间隙扩散，使病情加重复杂化，因此应尽早手术切开引流，使脓液排泄，控制炎症发展。
第四个阶段：肛门直肠周围脓肿自行破溃或经切开引流换药处理后，脓腔虽逐渐缩小，但溃疮却久不收口，这时腔壁已形成结缔组织增生的坚硬管道壁，中间遗留之空隙，这就是瘘道，脓液经常顺从瘘道流出，反复感染，反复发作，经久不能自愈，而成为瘘管。
肛瘘不及时治疗的话会对人体造成四方面的危害：
一、感染流脓：肛瘘一旦形成，自愈的机会极少，并带来一系列的危害。首先肛瘘感染发炎后，肛门疼痛剧烈，溃破后脓水污染内裤，脓汁刺激局部皮肤，肛门瘙痒剧烈。久而久之可使身体虚弱消瘦，精神不振，抗病能力下降，发作亦越频繁，形成互为因果。
二、瘘口、瘘管增加：肛瘘的多次反复发作，脓液可穿破管壁顺括约肌间隙蔓延而成多发性、复杂性肛瘘，不但给治疗带来困难，而且也影响到肛门的生理功能。
三、癌变危险：肛瘘的多发性，可形成直肠阴道瘘、直肠尿道瘘和直肠膀胱瘘，危及周围脏器，并且多年未治或误治的老肛瘘有癌变的可能。
四、肛门失禁：任由肛瘘发展，可对括约肌造成严重损伤，甚至可能造成肛门失禁等并发症不久再次发作，被迫沦为“二手患者”，辗转求治，痛苦不堪。
