结核菌是一种很麻烦的细菌，它可以在令人意想不到的部位致病，如中耳炎、生殖器炎症、肠结核等，肛瘘是其中之一。结核菌随粪便排出，引起肛门周围炎症而发展成肛瘘。因此有人认为肛瘘是结核性的，治疗起来比较困难，现在普遍认为肛瘘原因为结核是个极大的错误，对年轻人提起结核的话有许多人都不知其为何物。
目前，结核已不再是令人恐惧的疾病，经过治疗是完全可以治愈的。
结核性肛瘘也不少见，其起病较缓慢，局部疼痛不剧烈，较长时间才有破溃瘘外口;流出的脓稀薄，色白;内口较大，边缘不整齐;外口较多，边缘常凹陷;瘘管分支较多，情况较一般肛瘘复杂。
结核性肛瘘患者，常伴有全身症状，如低热、消瘦、贫血、纳差、乏力、盗汗、咳血等。在治疗中较化脓性肛瘘困难。
治疗上应选用全身抗结核药治疗，如雷米封、链霉素等。手术原则同其他肛瘘，但伤口愈合缓慢，易复发。
