一．瘘管切开术：是将瘘管全部切开开放．靠肉芽组织生长使伤口愈合的方法。适用于低位肛瘘，因瘘管在外括约肌深部以下。切刀开后只损伤外括约肌皮下部和浅部，不会出现术后肛门失禁。 手术在骶管麻醉或局麻下进行，患者侧卧位或截石位，首先由外口注入美蓝溶液，确定内口位置，再用探针从外口插入瘿管内．了解瘘管的走行情况及与括约肌的关系。肛瘘切开术的手术步骤：
1、正确探查内口：寻找内口的操作与挂线疗法相同，探得内口后，将探针拉出肛门外，如瘘管弯曲或有分支，探针不能探入内口，则由外口注入1%美蓝色素溶液少许，以确定内口部位，再由外口以有槽探针探查，将管道逐步切开，探查直至探到内口为止。如仔细探查仍不能找到内口，可将疑有病变的肛窦作为内口处理。
2、切开瘘管并充分切除边缘组织：瘘管切开后应检查有无支管，如发现也应切开。瘘管全部切开后即将腐烂肉芽组织搔刮干净，一般不需要将整个瘘管切除，以免创面过大。最后修剪伤口边缘，使伤口呈底小口大的“V”字形，便于伤口深部先行愈合。
3、肛管括约肌切断：术中应仔细摸清探针位置与肛管直肠环的关系，如探针在肛管直肠环下方进入，虽全部切开瘘管及大部外括约肌及相应内括约肌，由于保存了耻骨直肠肌，不致引起肛门失禁，如探针在肛管直肠环上方进入直肠（如括约肌上肛瘘括约肌外肛瘘），则不可做瘘管切开术，应做挂线疗法或挂线分期手术。第一期将环下方的瘘管切开或切除，环上方瘘管挂上粗丝线，并扎紧。第二期手术俟大部分外部伤口愈合后，肛管直肠环已有粘连固定，再沿挂线处切开肛管直肠环。
瘘管切开后其后，壁肉芽组织可用刮匙刮去，一般不必切除，以减少出血和避免损伤后壁的括约肌。切除瘘管组织应送病理检查。
4、伤口处理：每日更换敷料一次，最好在排便后进行，伤口内填充敷料逐渐减少，直到肛管内创口愈合为止。每隔数日做直肠指检可以扩张肛管，更可防止桥形粘连避免假愈合。
二．挂线疗法：是利用橡皮筋或有腐蚀作用的药线的机械性压迫作用，缓慢切开肛瘘的方法。适用于距肛门3—5cm内，有内外口低位或高位单纯性肛瘘，或作为复杂性肛瘘切开、切除的辅助治疗。被结扎肌肉组织发生血运障碍，逐渐坏死、断开，但因为炎症反应引起的纤维化使切断的肌肉与周围组织粘连．肌肉不会收缩过多且逐渐愈合、从而可防止被切断的肛管直肠环回缩引起的肛门失禁。手术在骶管麻醉或局麻下进行，将探针自外口插入后。循瘘管走向由内口穿出，在内口处探针上缚一消毒的橡皮筋或粗丝线．引导穿过整个瘘管，将内外口之间的皮肤切开后扎紧挂线。
SFT技术，即全电脑肛肠病诊疗系统于检查、治疗与一体，该技术主要应用于肛瘘、肛周脓肿的微创治疗，病变部位由计算机屏幕显示，图像清晰，诊断准确，同时图像可冻结、储存、回放、放大分析、测量计算等并能进行治疗前后对比。
肛瘘的治疗原则是手术为主，因为只有进行手术，才能找到原发的内口，并把感染的肛窦、肛门腺及其导管切除干净，这是肛瘘治疗的关键。
①清除内口：手术时要找到原发的内口，并把感染的肛窦、肛门腺及其导管切除干净，这是肛瘘治疗的关键。
②处理好瘘管及支管、死腔：要把瘘管的管道、支管、死腔等清除干净，以免术后复发。
③保留肛管直肠环：肛瘘手术时，应明确诊断，查明内口及瘘管走向，保留肛管直肠环，以维持正常的肛门括约功能。
肛瘘的保守疗法，一般用于择期手术患者，目的是为了减轻症状和减少发作。
①调理排便：保持大便通畅，防止腹泻或便秘，以减少粪便对肛瘘内口的刺激。
②清洁肛门：每日用温盐水或高锰酸钾的溶液坐浴。且要勤换内裤。
③适当用药：可适当使用抗生素口服，以控制炎症。也可适当使用药膏等局部涂抹或中药内服外用。
非手术疗法
（一）内治法
（二）外治法
1．外洗法：局部红肿疼痛时，可用苦参汤加减，煎水趁热熏洗，
2．外敷法：肛瘘急性期可用土医之家痔疮膏等外敷。
冷冻、电疗治肛瘘法
1、冷冻治疗：麻醉下先用刮匙从外口适当搔刮瘘管，再用探针探入，确定瘘管的方向和走行，拔出探头，选择相似形状的冷冻探头（弯曲程度不同的紫铜管，直径2毫米左右）作接触法冷冻，持续冷冻3分钟，使整个管道成白色冰棒，待自然复温后拔出探头，外涂消炎止痛软膏，术后坐浴、换药。
2、电疗仪治疗：运用现代肛瘘电疗仪的高温物理技术治疗，利用电弧放电产生高温，对局部组织进行烧灼，以切开肛瘘达到治疗目的。适用于低位肛瘘的治疗。麻醉下用探针搞清瘘管内外口及走行，用电疗仪沿探针依次切开肛瘘管壁，暴露创面，外敷烫伤膏。
改良式瘘管切除术
改良式瘘管切除术：利用直肠纤维镜进入到肛门里面，通过监视器，直接对内口进行微创电凝，使肛瘘的内口干结闭合，然后洗干净瘘管里面的脓液，这样大便后，粪便里面的细菌和粪水无法进入周围的组织，由此阻断感染源头及痛感，使之痊愈。
HCPT手术
利用直肠纤维镜进入到肛门里面，通过监视器，直接对内口进行微创电凝，使肛瘘的内口干结闭合，然后洗干净瘘管里面的脓液。
HCPT微创术具有以下特点：
精确度高：采用数字化视觉精确定位肛瘘病灶，辅助手术顺利进行；
恢复更快：住院时间短，术后伤口恢复快、不影响肛门正常功能；
痛苦更小：手术过程中对病灶局部或完全麻醉，患者痛苦小；
并发症低：已使千例患者成功恢复健康，通过观察及随访过程中发现病灶并发症的概率极低；
微创安全：手术整个过程在电脑精密控制，术中、术后微创、安全、可靠；
肛瘘的食疗法
（1）黄鳝1条、瘦猪肉100克、黄芪25克炒熟，加盐、糖、黄酒适量，去黄芪后食用。适用于虚型肛瘘病人。
（2）大米、小米各100克，洗净，放入锅内添入适量水煮开，待粥煮至半熟，加入豆浆500克搅匀煮熟，便可食用。适用于虚损患者，老幼皆宜。
（3）菊花6克、白糖6克、绿茶叶3克，放入茶杯开水冲沏，略闷片刻，淡香清雅，可清热解毒，利血脉，除湿痹，减轻肛瘘肿痛。
复杂性肛瘘的治疗原则
1、独特的内口定位法：“复发”，对许多患者是一个恐惧的词，但许多患者又不得不面对这样的现实。其中最主要一条就是术中没找到内口，疾病的源头没被堵住。复杂性肛瘘瘘管弯曲、分支多，且大部分时候瘘管闭塞不通，所以就不能像单纯肛瘘那样来找内口。
2、新的手术原则：古往今来，“从内口至外口全部切开瘘管”是肛瘘手术所遵循的不变原则。
