日本厚生劳动省研究小组通过大规模调查得出的结论：每天喝咖啡的人和不喝咖啡的人相比，肝癌发病率降低一半。
据《读卖新闻》报道，从1990年开始约10年间，该研究小组在全国9个地方对9万名40至69岁的男性和女性进行追踪调查，其中男性有250人，女性有84人患了肝癌，分析结果表明，排除抽烟等因素，每天喝咖啡的人和每天基本不喝的人相比，肝癌发病率少51%，一天喝5杯以上者，肝癌发病率仅为不喝咖啡者的四分之一。
Larsson 和 Wolk医生指出：“从生物学角度来看，多喝咖啡确实对肝癌有益。咖啡含有大量的抗氧化剂，例如绿原酸;这些抗氧化剂能对抗氧化应激，并且抑制致癌物质产生”。另外，在动物试验中也发现，咖啡和绿原酸对肝癌有明显抑制效果。
瑞典斯德哥尔摩卡罗琳学院(Karolinska Institutet)的Susanna C. Larsson和Alicja Wolk医生在文中写到，“近20年来，关于咖啡对肝脏功能和肝病有益作用的数据就一直有不断报道。”有些研究也发现了咖啡消费量与肝酶浓度呈负相关，而肝酶水平反映了患慢性肝脏疾病和肝硬化的危险程度。
因此，研究人员为发表的流行病学研究进行了一项大规模的回顾分析，以考察咖啡消费量与肝癌发病风险的相关性。该分析纳入了11项研究、共计2,260名肝癌患者以及作为对照组的239,146名非肝癌参与者。在所有研究中都发现咖啡消费量与肝癌发病率的存在逆相关，并且其中6个研究结果达到统计上的显著水平。
目前咖啡里含有的什么成分具有降低肝癌发病率的效果，研究人员还不清楚，大量喝含咖啡因同样多的绿茶降低肝癌发病率基本没有被证实，有可能是咖啡具有的独特成分对肝癌发病有抑制作用。
