肛瘘手术后处理十分重要，甚至可以说手术后处理的好坏对手术效果的优劣有直接影响。一般而言，在手术后24小时，便将伤口内的凡士林纱布及其他填充纱布取出，若创面较深较大，则可于48小时后取出，若患者排便，便后要坐浴患处，并换药。每日一次，直至伤口完全愈合。换药时，伤口应保持引流通畅，药布放到伤口深处，即伤口底部，覆盖好肉芽组织，使其由深部向外生长，但不宜填塞太紧，以免妨碍愈合。同时要检查伤口情况，避免外部伤口粘连，早期愈合，而形成新的瘘管。对外部生长较快的肉芽要经常剪切，对已提前愈合的外部组织要提早切除，扩大外部引流口，使引流通畅。换药时，有条件者应尽量使用诸如生肌玉红膏之类的中药膏剂，祛除腐肉，以促进伤口愈合。
肛瘘手术后早期每日必须换药，可以说肛瘘手术后换药的重要性不亚于甚至在某种程度上还要高于肛瘘手术的重要性。因为肛瘘手术后的创面往往是敞开的，通过手术后换药，可以达到以下作用：
1） 去除手术创面的分泌物和粪便，保持创面清洁，防止污染进而引起感染。
2） 换药时置入伤口的药物纱条不仅可以通畅引流，还可起到保护创面的作用。
3） 换药时可以使用一些促进创面生长药物如贝复济等。
4） 有利于发现并处理不健康的肉芽组织，促进伤口愈合。
5） 通过纱条的填充，可确保伤口愈合从基底开始，避免桥形愈合。
