毒品的抑制食欲作用不仅可引起身体消瘦，还可引起某些人体必需的维生素和矿物质缺乏，从而引起一系列营养不良综合征。维生素B族缺乏会损伤中枢神经系统引起记忆力、注意力、学习能力显著下降，甚至引起意识障碍。维生素B族缺乏还会引起末梢神经炎和各种皮炎。铁元素缺乏可引起缺铁性贫血，故而吸毒者中缺铁性贫血非常常见。
吸毒常引起胃肠蠕动减慢进而引起便秘。这种便秘非常顽固，成为长期令吸毒者苦恼的痼疾。有时吸毒者每隔一周或十余天才大便一次，排便时出血非常常见。胃肠蠕动减慢还可引起肠梗阻。某些人为了将毒品偷偷带进医院、教堂等治疗地，利用身体藏匿毒品，吞服装有毒品的避孕套，也会引起肠梗阻。此外，吸毒者的这种行为也常引起意外中毒死亡。
阿片类毒品成瘾者在突然停用毒品后会出现胃肠道蠕动异常加快，表现为严重腹痛和腹泻。腹泻严重者可出现脱水现象。
可卡因对全身血管均有强烈收缩作用，对肠道血管的持续高度收缩可引起肠缺血和坏死。治疗需手术切除。
肝炎在吸毒者中广泛流行，甚至国外有人提出：“只要是确定的吸毒者，就一定合并有肝炎”。有研究证实对69名吸毒者在封闭条件下进行半年的观察，发现有52人至少有一项或更多的肝功能化验结果异常。一般认为，乙型肝炎是由于共用被污染的注射器所传染。海洛因易引起慢性肝功能损害，可能与海洛因对肝脏的直接毒性作用有关。
